Naturreservatet Stendörren innehåller en rad olika miljöer såsom barrskogar, hällmarker, små kärr, kulturmarker, ökar, kobbar, skär och grunda vattenmiljöer. Skogsmarken är lite påverkad av människan på såväl fastlandet som på de större trädbeklädda öarna. Gran, tall och vissa lövträd på fastlandet är delvis av äldre karaktär och här finns flera arter epifytiska lavar med högt bevarandevärde, som till exempel gammelgranslav och skriftlav. Vegetationen i barrskogen är relativt artfattig och utgörs av en mosaik av olika naturtyper. I friska och fuktiga partier i barrskogen förekommer knärot Goodyera repens (VU).
Naturliga fodermarker finns vid Aspnäset, Ekholmen och på Griskär. Under de senaste åren har markerna betats av får och nötkreatur. Här påträffas den typiska arten månlåsbräken Botrychium lunaria (NT). Trädskiktet utgörs bland annat av ask, rönn och oxel. På ängsmarkerna förekommer ormtunga Ophioglossum vulgatum och kustarun Centaurium littorale. I anslutning till de befintliga betesmarkerna ligger igenvuxna skogsbetesmarker som behöver restaureras.
Stendörren pekas ut som av Riksintresse för naturvård och är en av de mest besökta platserna samt ett av de största reservaten (landarealen) i länet. I projektet kommer igenväxning tas bort och vegetation kommer att slås. Detta kommer bidra till att naturtypen slåtterängar i låglandets bevarandestatus ska fortsätta vara god på lång sikt.
